Los ecosistemas se dividen, de manera general, en terrestres, acuáticos continentales y marinos. En Colombia, han sido aplicados diversos sistemas de clasificación de los ecosistemas, especialmente de los ecosistemas terrestres. La clasificación de los ecosistemas que se presenta a continuación, para Colombia, se define de acuerdo con los tipos principales de ecosistemas (TPE), los cuales, por presentar variantes relacionadas con las características del hábitat, dan lugar a los tipos principales de hábitat TPH (Márquez. Colombia: Un país irrepetible, 2003).